Коллекционируя каменные памятники храма Августа с 1802 года, маршал Мармонт начал создавать музейную коллекцию. Однако, находка каменных, керамических и металлических предметов Незакция, стало причиной для создания Городского музея (Museo civico) Пулы, в 1902 г. При переселении центра Археологического общества Истрии и исторического наследия(Societa istriana di archeologia e storia patria), а также археологической экспозиции из Пореча в Пулу, Городской музей соединяется с Государственной коллекцией (каменные памятники) и поречским Областным музеем (Museo Provinciale) в одно музейное учреждение областного значения. Так в 1925 г. был основан Музей Истрии (Il Regio Museo dell’ Istria) в том же здании, в котором он находится и сегодня. В 1930 г. выставочные залы музея впервые открыли для посетителей, тогда же был опубликован путеводитель на итальянском языке. Эта выставка, с небольшими изменениями, была доступна публике до конца Второй мировой войны, а во время англо-американского правления , многие экспонаты были перевезены в Италию. С некоторыми изменениями в лапидарии и с экспозицией оставшихся экспонатов в 1949 г. музей заново открыт как специализированный Археологический музей Истрии. Кропотливой работой и с великим трудом, после возврата части археологической коллекции из Италии в 1961 г., постепенно отреставрировано здание музея, разработана образовательно-наглядная концепция в представлении экспонатов музейного фонда. В 1968 г. открыт отреставрированный лапидарий в помещениях на первом этаже и в коридорох музея, а в 1973 г. открыты выставочные залы доисторического периода на втором этаже, а античного, позднеатичного и средневекового периода- на 3 этаже музея. Выставочные залы Археологического музея Истрии пополняются новыми экспонатами археологических раскопок Истрии: доисторических пещер, городищ и некрополей, античных хозяйственных построек, сооружений, кладбищ и сакральных объектов раннего христианского и византийского периодов, времен нашествия варвар и переселения славян на территорию Истрии.